對于一個PCR儀反應，雖然有各種各樣的PCR儀引物設計軟件或者經驗公式計算*適的退火溫度，可是由于模版中堿基的組合千變萬化，對于特殊片斷，經驗公式得到的數據不一定能"P"出來結果，細微的變化對結果都可能產生決定性的影響，因而“摸條件”一度是讓人很頭疼的問題。梯度PCR的出現部分解決了一些問題——在反應過程中每個孔的溫度操控條件可在指定范圍內按照梯度變化，根據結果，一步就可摸索出*適合的反應條件。不單退火溫度，連變性溫度和延伸溫度都可優化——對于多種聚合酶混合酶擴增如Invitrogen、Clontech、Promega的多數高保真Taq酶來說這個非常重要，因為Taq和校正酶的*佳反應溫度可能有顯著差異，優化延伸溫度就顯得很重要。多次實驗可在一臺儀器上完成，既節省實驗時間提高效率，又節省實驗成本。
對于帶梯度功能的PCR儀，需要考慮梯度模式下區別梯度管排間的溫度均勻性和準確性，還必須考慮儀器在梯度模式和標準模式下是否具有同樣的溫度特性。這種差異可能導致在梯度模式下得出的*佳條件與標準模式下單獨做的結果出現差異。SteadySlope技術是EPPENDORF擁有的梯度PCR技術**，可同樣的溫度變化速率到達所有設定的梯度溫度，所以在梯度模式下具有恒定的溫度性。這一技術保證了在梯度模式和普通模式之間可進行可靠的信息傳遞，不會因為溫度特性區別而導致產量和特異性的變化。MJ公司沒有付**費而選擇在梯度模式下采用區別的降溫速率，每個梯度溫度之間的溫度曲線區別，從梯度模式向普通模式進行轉換的可能會出現問題。此外采用TCT（三組回路）技術的梯度PCR儀由于在梯度PCR模式下增加了一個加熱和冷卻的操控區域，保證了梯度溫度操控的**性并使區別梯度管排間的溫度均勻性更好。
在PCR儀上增加原位PCR模塊就可在玻片上進行原位PCR擴增，MJ和eppendorf的PCR儀都有提供原位適配器以滿足區別需要。購買配有支持原位PCR模塊的PCR儀對從事醫學研究的工作者是很值得的，一機兩用。
此外，隨著基因組高通量研究的需求的提高，各品牌都推出了多槽式高通量PCR儀，各有特長：MJ有一種一拖四，就是1個主機帶4個擴增槽，每個槽可獨立控溫，一次可作96x4個樣品的PCR，不過一旦出現問題4個都不能用了。ABI則在原來的9700的基礎上推出了雙384孔的基座，一次完成384x2個樣品，使得9700的功能又擴展到高通量領域而無需購買新的機器，可惜兩個384槽不能獨立控溫。eppendorf則有一個操控面板，可操控5個獨立的PCR儀，每臺機器可聯合，而且互不影響，但是比較浪費空間。 尊敬的客戶：
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